No es afiliada a ningún partido, pero por casualidad y tras un debate televisivo, la recién estrenada presidenta de Madrid –postamayazo–, Esperanza Aguirre, la llamó para encargarse de las universidades de la región. "No pude decir que no", asegura. Así en 2003, Clara Eugenia Núñez asumió la Dirección General de Universidades e Investigación madrileña. Una experiencia que relata, no sin polémica, en su libro Universidad y ciencia en España. Claves de un fracaso y vías de solución (Gadir), en el que analiza los fallos del sistema y en el que ninguno de sus protagonistas (profesores, rectores, sindicatos y responsables políticos) sale indemne.
